海南热带海洋学院崖州湾创新研究院（简称创新院）是由海南热带海洋学院举办、具有独立法人资格的新型事业单位，致力于打造引领学校创新发展和支撑崖州湾科技城事业发展的高水平研发机构。创新院立足海南自由贸易港建设需求和学校高水平应用型海洋大学建设导向，依托科技城创新要素汇聚和学校在学科、科研和人才方面的资源优势，重点围绕热带海洋生态系统保护与蓝色碳汇、水产南繁育种、深海观测与探测技术装备，开展理论创新、技术研发、成果转化和人才培养，努力建设成为学校创新发展和人才培养的实验田，海洋生态、深海科技、热带水产等领域科技创新的孵化器，国际国内合作交流的桥梁和纽带，切实为海南自由贸易港建设做出贡献。