南山港做为三亚港的还建工程，市政府于2009年12月决定由三亚城投公司以委托经营的形式交由三亚港务局经营。自2010年开始，三亚港务局就派员进驻南山港区，一方面协助城投公司完成工程收尾工作，一方面筹备一期工程的试运营工作。 

　　南山港自2014年1月21日试运行以来，紧紧围绕市国有企业改革发展的总体要求和港口工作目标，抓好货运经营、生产组织、安全管理三个重点，通过调整适应，构筑新的管理平台，优质高效，提供良好的装卸服务，使港口吞吐量得到了大幅增长。